Les unités des Opérations Spéciales opèrent dans l'ombre, et sont par conséquence méconnues. Leurs actions sont tenues secrètes et leurs résultats ne sont connus qu'une fois les conflits terminés.

Operation Flashpoint Elite contient plusieurs missions faites pour les Opérations Spéciales. Elles sont toutes frappées de la même exigence, et traitées avec le même souci de réalisme que celui qui à valu le succès de la série. Chaque pas, chaque progression doit se faire avec la plus grande discrétion... la réussite des missions en dépend. Il va vous falloir vous faufilez au milieu de bases ennemies, poser des charges de plastique pour faire sauter des chars et des citernes... Vous aurez accès à tout un arsenal spécial, fusils de snipers, armes silencieuses, lunettes à vision nocturne... à n'utiliser qu'en dernier recours, votre arme principale étant la discrétion.

Au fur et à mesure de votre progression, vous serez amené à prendre le commandement de troupes. Vous devrez leur donner des ordres pour les faire évoluer. Vous pourrez par exemple ordonner à 3 soldats de prendre d'assaut un tank et faire sauter un bâtiment...Vous pouvez commander jusqu'à 12 soldats, et de la manière dont vous allez les gérer dépendra la réussite de votre mission. Utilisez bien les forces vives de votre escadron, ne négligez aucune des compétences de chacun de vos hommes, ils ont tous une spécialité. De plus, l'intelligence artificielle est telle que lorsque vous allez assigner une tâche à vos soldats, ils vont la remplir de la manière la plus intelligente qui soit.

Le système de commandement fonctionne aussi bien en mode online. Vous pourrez ainsi transmettre des ordres aux autres joueurs. Si vous utilisez la voix via le xbox live, vous gagnerez un temps précieux, et vous aurez le feedback en temps réel des combats.

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